Thời điểm những năm giữa 1760 và 1764, Baret trở thành quản gia cho Commerson, lúc này định cư ở Toulon-sur-Arroux, khoảng 20 kilômét (12 dặm) về phía Nam La Comelle. Commerson kết hôn năm 1760, vợ của ông là em gái của linh mục giáo xứ, đã qua đời ngay sau khi sinh con trai vào tháng 04 năm 1762, rất có thể Baret đã tiếp quản quản lý gia đình của Commerson vào thời điểm đó.[14][15]

Giữa Baret và Commerson đã nảy sinh tình cảm, khi Baret đã mang thai vào năm 1764. Luật pháp nước Pháp vào thời điểm đó yêu cầu những phụ nữ mang thai ngoài giá thú phải có được giấy chứng nhận mang thai, trong đó ghi tên người cha của đứa con chưa sinh của họ. Giấy chứng nhận của Baret, từ tháng 08 năm 1764, được nộp trong một thị trấn cách đó 30 kilômét (19 dặm), được chứng kiến và xác nhận bởi hai người đàn ông. Cô đã từ chối đặt tên cho cha của con mình, nhưng các nhà sử học khẳng định rằng đó là Commerson và chính Commerson cũng đã thay mặt cô, sắp xếp với luật sư và các nhân chứng.[16][17]

Ngay sau đó, Baret và Commerson cùng nhau chuyển đến Paris, nơi cô tiếp tục trong vai trò quản gia. Baret đã đổi tên thành Jeanne de Bonefoy trong giai đoạn này.[18][19] Con của cô, sinh vào tháng 12 năm 1764, được đặt tên là Jean-Pierre Baret. Baret đã đưa đứa trẻ đến Bệnh viện Foundling, Paris. Đứa trẻ nhanh chóng được nuôi bởi mẹ nuôi nhưng đã qua đời vào mùa hè năm 1765.[20][21]

Năm 1765, Commerson được mời tham gia cuộc thám hiểm của đô đốc Bougainville. Ông do dự vì thường có sức khỏe kém, ông yêu cầu sự giúp đỡ của Baret như một y tá cũng như quản gia của mình, quản lý các bộ sưu tập cũng như giấy tờ.[22][23] Lời mời tham gia cuộc thám hiểm cho phép ông có một người hầu, chi phí sẽ được hoàng gia chi trả. Nhưng vào thời điểm này, phụ nữ hoàn toàn bị cấm trên các tàu hải quân Pháp.[24] Ý tưởng của Baret về cải trang thành một người đàn ông để đi cùng với Commerson đã được hình thành. Để tránh sự dò xét, cô đã tham gia vào cuộc thám hiểm ngay trước khi con tàu ra khơi, giả vờ là một người xa lạ với Commerson.

Trước khi rời Paris, Commerson đã bắt đầu kế hoạch, viết giấy di chúc để lại cho Jeanne Baret, còn được gọi là de Bonnefoi, quản gia. Nội dung để lại gồm một khoản tiền lương 600 livre và các món đồ nội thất trong căn hộ ở Paris.[25][26] Sau đó, trong câu chuyện Baret nói với Bougainville đã dựng lên tình tiết để giải thích sự hiện diện của cô trên tàu, cẩn thận để Commerson không bị liên lụy, có bằng chứng tài liệu rõ ràng về mối quan hệ trước đây của họ.